Qua thanh tra cho thấy, công ty hạch toán doanh thu chưa kịp thời. Công trình Trung tâm Văn hoá xã Tiên Phong đã nghiệm thu ngày 5/12/2018, đến 7/2019 công ty mới viết hoá đơn kê khai thuế giá trị gia tăng và ghi nhận doanh thu 244,9 triệu đồng. Hạch toán một số chi phí vật tư vào giá vốn công trình cao hơn định mức quy định, làm tăng chi phí năm 2018 số tiền 401,7 triệu đồng. Hạch toán chi phí nhân công, nguyên vật liệu để hình thành giá trị nguyên giá tài sản cố định không đúng với thực tế phát sinh, nên phải giảm giá trị 413,9 triệu đồng và giảm chi phí khấu hao 39 triệu đồng.
Một số khoản vay không dùng cho hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng công ty vẫn hạch toán chi phí lãi vay số tiền 848,6 triệu đồng. Trong khi, việc kê khai, nộp và quyết toán thuế thu nhập cá nhân, thuế môn bài cũng có nhiều sai sót. Thuế giá trị gia tăng, đến thời điểm thanh tra, công ty chưa nộp số tiền 820,4 triệu đồng. Về thuế thu nhập doanh nghiệp, năm 2018, công ty kinh doanh có lãi nhưng không phát sinh nộp thuế thu nhập doanh nghiệp do công ty chuyển lỗ từ năm 2017 sang.
Đối với việc thực hiện nghĩa vụ với người lao động, về nội dung hợp đồng ký kết với người lao động và việc chi trả trực tiếp số tiền bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp vào lương cho người lao động đối với một số đối tượng lao động phải đóng bảo hiểm xã hội bắt buộc là chưa đúng quy định của Luật Bảo hiểm xã hội. Hồ sơ hợp đồng lao động của công ty còn thiếu một số giấy tờ theo quy định.
Trong thời kỳ thanh tra, công ty đã thi công 23 công trình dự án, với tổng giá trị 40,8 tỷ đồng, trong đó có 19 công trình có vốn ngân sách Nhà nước. Qua thanh tra cho thấy, nhà thầu chưa lập tiến độ thi công công trình chủ đầu tư phê duyệt; bản vẽ hoàn công không có họ tên người ký; chưa có chứng chỉ xuất xưởng cửa nhựa lõi thép, thí nghiệm đầu vào vật liệu gạch xây tại công trình nhà lớp học 2 tầng 8 phòng Trường Mầm non Nam Tiến; quyết định thành lập ban chỉ huy công trường không phân công công việc cụ thể cho từng thành viên; biên bản nghiệm thu một số hạng mục công việc không có đầy đủ chữ ký của các bên tham gia tại công trình Trung tâm Văn hoá xã Tiên Phong; nhật ký thi công không ghi đầy đủ các thiết bị thi công trên công trường tại công trình đường BTXM từ nhà ông Thường; công trình nhà lớp học 2 tầng 10 phòng Trường Mầm non Tân Hương; chưa lập tiến độ thi công trình chủ đầu tư phê duyệt, bản vẽ hoàn công không có họ tên người ký, chưa có chứng chỉ xuất xưởng thép, thí nghiệm đầu vào vật liệu gạch xây, đất đắp tại công trình cải tạo, nâng cấp chợ Hồng Tiến.
Thanh tra tỉnh phát hiện có sự chênh lệch về khối lượng xây lắp đã được chủ đầu tư nghiệm thu, thanh toán, quết toán số tiền 76,2 triệu đồng, trong đó: Công trình nâng cấp cải tạo chợ Hồng Tiến, do UBND xã Hồng Tiến làm chủ đầu tư, số tiền là 59,6 triệu đồng; công trình nhà lớp học 2 tầng 8 phòng Trường Mầm non Nam Tiến, do Ban Quản lý Các dự án đầu tư xây dựng thị xã Phổ Yên làm chủ đầu tư số tiền 16,6 triệu đồng.
Căn cứ vào các vi phạm nêu trên, Thanh tra tỉnh kiến nghị giám đốc công ty kiểm điểm rút kinh nghiệm, khắc phục tồn tại, hạn chế, sai phạm trong việc thực hiện pháp luật về kế toán, thực hiện nghĩa vụ với Nhà nước và người lao động, thực hiện pháp luật về đầu tư xây dựng. Yêu cầu giám đốc công ty chấp hành nộp thuế giá trị gia tăng phát sinh từ năm 2020 và những năm trước là 820,4 triệu đồng; hạch toán giảm giá trị nguyên tài sản cố định 413,9 triệu đồng khi tính khấu hao; hạch toán giảm chi phí khi xác định hoạt động kinh doanh năm 2021 là 1,2 tỷ đồng... Thanh tra tỉnh cũng kiến nghị thu hồi 54 triệu đồng do giá trị khối lượng đã được chủ đầu tư thanh toán không đúng thực tế.